文献中的潜规则永远是可怕地存在，不依人的意志转移。 相信也好，不相信也好，它就在哪里，不闹不吵。 关于这个超几何检验的潜规则很微妙。
超几何检验某情形：试图搞明白在基因集合\(\mathcal{G}\)中，哪个生物学过程（基因本体的生物学过程）高表现。 如图所示，直观地看，下述判断是对的：“如果在基因集合\(\mathcal{G}\)中（前景），对应的某个生物学过程\(bp\)的基因个数\(q\)与该基因集合中含有的基因个数\(k\)的比值大于在实际中\(bp\)对应的所有的基因的基因个数\(m\)与所有生物学过程对应的所有的基因的集合（背景）的基因个数\(m+n\)（n为其余的生物学过程对应的基因个数），那么\(bp\)就是高表现。”
\[\text{sgn}(\frac{q}{k}-\frac{m}{m+n})\]这种直觉是错误的倾向，因为实际上可能存在这种情况：某一个基因在背景中异常的罕见，突然出现一次在前景中也可能是高表现。
关于\(p\)-value的含义和计算方法请戳前篇博客。 这里给出具体的用R做超几何检测的方法，其标准的步骤如下：
第一步，做假设
“没有了观众也就没有了表演”————山本一木
没有假设就没有检验。 在该超级检验的情形下所做的假设为：\(H_0\)：\(bp\)在\(\mathcal{G}\)中的表现要弱于其在背景中的表现。
第二步，计算\(p\)-value
与上述假设对应的\(p\)-value为：
\[p\text{-value}=1-\sum\limits_{i=0}^{q}\frac{C_{m}^{i}C_{n}^{k-i}}{C_{m+n}^{k}}\]该公式所对应的R代码很简单、很直观，如下：
phyper(q,m,n,k,lower.tail=FALSE)现在就完成了超几何检验，但微妙之处在于：“背景是什么？”。
此处背景的解释可以有两种：
- 解释1：背景是最广烦不受任何限制的所有生物学过程对应的基因集合
- 解释2：背景是\(\mathcal{G}\)所有涉及到的生物学过程（注意：\(\mathcal{G}\)用来限定生物学过程）所对应的基因集合。
模楞两可神马的最令人讨厌、憎恨。
但搞笑的是，关于这两个解释的争议似乎最终是先有鸡还是有蛋的问题。